Der skal en god del fantasi til at forestille sig det pragtrum, birgittinerne skabte som ramme for deres Kristus-dyrkelse, idet kun munkenes mindre, vestlige del af kirken undgik nedrivning ved ombygningen i 1788-89.

Stiller den besøgende sig i midtergangen med ryggen mod orglet og som et tæppe trækker synet af altret og væggene bag og omkring dette bort, viser der sig et middelalderligt, søjlebåret rum af katedralstørrelse med et højt hævet gangparti, omgangen, langs nord-, øst- og sydvæg. Med en totallængde på 75 meter og 32 meter i bredden var den en af landets allerstørste kirker. Der var som nu 15 meter til loftet i sideskibene, mens midtskibets hvælving hang 25 meter over gulvet.

I modsætning til andre havde denne kirke to kor: munkenes i vest, hvor den besøgende befinder sig, og nonnernes på et podie 6 meter over gulvet længst ude i kirkens nu forsvundne østende.

Det var en del af klostrets idé, at kirken skulle være skarpt opdelt i tre områder. Et for munke, et for nonner og et for de andagtssøgende. Nonneklostret omfattede foruden bygningerne nord for kirken også nonnernes kor i kirken. Her på dette høje stade tilbragte nonnerne en væsentlig del af dagen fordybede i bøn og lovsang foran Jomfru Marias alter, usynlige og afsondrede fra kirkens øvrige liv. Præstemunkene færdedes ad omgangene til og fra altertjenesten i nonnekoret. Et stort jerngitter på tværs af kirken, hvor prædikestolen nu findes, adskilte munkekoret fra kirkens øvrige meget store gulvareal, hvor alle andre måtte komme.

En af Mariager Klosters meget betydelige indtægtskilder under den kostbare byggefase i 1400-tallets sidste halvdel var salget af de små gravkapeller under omgangene. Her gravlagdes de adelsslægter, der havde stået bag klostrets oprettelse. I størrelse var kapellerne ganske ubetydelige, men prisen for dem var høj. Erik Ottesen Rosenkrantz betalte eksempelvis 10 gårde for sit kapel samt kost, løn, lys og fribolig til evig tid for kapellets præst. Erik Ottesens kapel ses på illustrationen side 9 som nummer to i kirkens højre side.

Munkenes kor kan man bedst danne sig et indtryk af, når man stiller sig neden for prædikestolen med ryggen til altret og tænker sig rummet ryddet for bænke og orgelopbygning.

Som i andre store middelalderkirker var der også i birgittinernes et stort antal altre, men denne kirkes hovedalter fandtes øverst på en række lave trappetrin her i munkenes kor under triumfbuen flankeret af 12 mindre altre, to på hvert trin. Middelalderkirken havde ikke noget orgel, og man må forestille sig, at det højt hvælvede tårnrum var en organisk del af koret. Munkenes kloster lå syd for kirken og sammenbygget med denne, således at præsterne gjorde deres entre gennem døren i tårnets sydvæg. Munkekoret må som nonnekoret formodes at have været udstyret med korstole og syngepulte langs ydervæggene.

Den nu tilmurede dør under det store kalkmaleri førte ud til skriftemålshuset, hvis mur- og tagspor fortsat anes udvendigt på kirken.

I skriftemålshuset tog klostrets præster hver torsdag nonnerne til skrifte. Nonnerne kom ind i huset fra deres kloster, der lå nord for kirken. Skriftemålet foregik gennem små åbninger i en væg, der delte rummet og som således forhindrede egentlig fysisk kontakt mellem de to køn.

De to tilmurede døre i korets sydside førte ud til munkenes gård, mens kirkens nuværende hovedindgangsdør oprindelig har været den Nådens og Ærens Port, gennem hvilken enhver nonne efter sin indvielse vandrede ind i sit kloster til livslang - og forhåbentlig frivillig - indespærring. Til et tyst liv i fattigdom, bøn og arbejde. Nådens og Ærens Port var nonneklostrets hovedindgang. Det var også gennem denne dør, nonnen næste gang forlod klostret, når hun efter sin død blev båret ud og gravsat.

Birgittinernonnens hele formål med klosterlivet var at forberede sig til dette dødsøjeblik og dermed himmelfarten og foreningen med Kristus, til hvem hun lod sig vie, dengang hun afgav sit klosterløfte.